至于左良玉，虽说被人护着上了船，可是没有能逃出多远，便被越来越多的叛军控制的船只给堵住了去路，在肖天健巨额悬赏之下，这些参与叛乱的官兵们，无不争先恐后的上去厮杀，试图抓住或者杀掉左良玉争功，虽然左良玉的手下们也拼了命的抵抗，可是杀退一波便又围上来一拨，刚开始这种厮杀还是无组织自发形成的，可是后来逐渐越来越多的船只围上来，将左良玉带着的几条船围得是里三层外三层的，杨昆山和刘江都赶到了这里，开始指挥围攻左良玉的船只。
几条左良玉手下控制的船只被包围在中间，四面八方箭如雨下，不时的有人中箭倒在船上抑或是翻落在江水之中，不管他们如何拼杀，始终都无法透围而出，左良玉也疯狂了，在战船上指挥手下拼死抵抗，可是很快便矢尽弹绝，只能尽可能的阻止叛军靠帮跳上他们的船只。
一番激战下来，左良玉手下死伤惨重，虽然也杀伤了不少的叛军，可是他们的几条船都开始被叛军的火箭点燃，左良玉也身负重伤，倒在了船上，逼得左良玉仰天大叫：“天亡我也！”
随即大批叛军开始涌上了他们的船只，刀枪并举的朝着左良玉和他残存的几个手下扑了过去……
荆州之战直到七月二十三才算是彻底结束，这一战下来，刑天军将左良玉所部彻底全歼在了荆州一带，只有极少数的左良玉的手下溃围而逃，但是自左良玉一降主要的部将，皆被刑天军阵斩抑或是抓获。
左良玉在江面上被杨昆山和刘江指挥的叛军所杀，他的尸体当天下午被送回到了荆州城中，交给了肖天健，肖天健带伤检视了左良玉的尸体，确认无误之后，当场兑现了他的悬赏，赏了几个最后杀掉左良玉的六个人每人二百两银子，但是因为局面太乱，左良玉被砍得满身都是伤口，还有不少箭伤，也认不清谁才是真正杀掉他的人，所以营将之说就免谈了，凡是参与围攻左良玉的人，每个人都赏银二十两，算是作为补偿，使得这些叛军上下无不高兴万分。
至于左良玉的家眷，基本上都被烧死在了船上，而他的儿子左梦庚则被几个叛军当场格杀，人头也被找到，送至了荆州城之中。
可以说荆州一战，左良玉全家基本上被灭门，以后根本不用再担心左良玉这一家人再折腾出什么浪花了。
而除了左良玉和他家人之外，左良玉手下诸将基本上也没有跑掉，不是当场死于乱军之中，便被刑天军抓获，跑掉的可以说是屈指可数，即便是跑掉一些，以后这些人也都吓破了胆子，谅他们不敢再兴风作浪跟刑天军为敌了。
此战共斩杀左军近万人，说是一场屠杀也不算过分，彻底将左良玉集团给杀了个血流成河，染红了荆州的长江江面，许多尸体沉入了江中喂了鱼无法考证，但是起码可以保证，杀人盈万是没有一点问题的。
而刑天军这边损失则有千余人左右，阵亡四百多人，伤五六百人左右，其中重伤二百余人，损失也相对来说是比较重的一次，基本上赶上襄阳一战的伤亡数量了，可见这一场仗打得是相当惨烈。
除了左良玉所部被屠之外，此次攻占荆州，还生擒了被分封在荆州城的惠王以及惠王的全家，这个惠王也算是倒霉到家了，摊上了个左良玉这样的家伙坐镇荆州，多次被左良玉敲诈，王府在城破之前，还被左良玉以筹措饷金为由，派兵冲入王府洗劫了一番。
对于这个惠王，肖天健念在他在荆州为祸不深，也就饶了他一命，没收了惠王的家产之后，将其和他的子女妃子们迁至保康县安置，贬为平民之身，令其自耕自织，以后不要再想过安逸、豪奢的日子了。
虽然肖天健在荆州城下中了几箭，但是好在他身上披有重甲，伤势很轻，基本上没有影响到他的活动，但是也正是他这样的举动，一是争取到了民心，二是彻底激怒了刑天军上下兵将们，也更获得了兵将们的人心。
只可惜了他的那匹爱马，在驮着肖天健回去之后，伤势过重，两天之后死在了军中，让肖天健好是伤心了一番，这匹黄骠马已经跟随他好多年时间了，跟肖天健感情已经相当深厚了，多次手下都要为他换一匹更好的战马，都被肖天健拒绝了，现如今为了肖天健，这匹黄骠马阵亡在了军前，肖天健岂能无情，所以肖天健亲自坚持埋葬了这匹爱马，并且立碑予以纪念，单单只为了这匹爱马，肖天健就杀了不少的左良玉的手下来祭奠它。
攻城战之中，虽然杀伤了不少无辜的百姓和妇孺，但是老百姓并没有因此便怨恨肖天健，而肖天健在入城安民之后，也践行了他的承诺，下令收敛城上下的那些妇孺的尸骸，有亲人的可以将其尸身领去安葬，刑天军派发十两银子作为抚恤，没有家人收殓的，便将其集体移至城外，在城西江岸边上，择了一个不错的地方，整整齐齐的将其埋葬，同时拨出银两，在那里修建起来了一个祠堂，专程带部将们在那里隆重的公祭了一番。
同时刑天军入城之后，取了城中左良玉聚敛的钱粮，拨出十五万两银子和大量的粮食分发了下去，赈济当地惨遭兵祸的百姓。
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