1257年，波罗兄弟两人带着阿泰尔的手札从马斯亚夫离开，然而在遭到蒙古骑兵的袭击后，不慎将手札遗失，无奈兄弟两只能带着剩下的刺客典籍来到了君士坦丁堡。
凭借着在马斯亚夫那段时间和刺客导师阿泰尔的交谈和学习，兄弟两人在君士坦丁堡建立了新的刺客公会。
1259年，刺客公会已经完全可以正常运作。兄弟两人在将阿泰尔那五枚信息钥匙和部分封存在君士坦丁堡的几处秘密地点，重新踏上旅途，来到蒙古帝国想要拿回之前失落的手札。
可在那片土地上花费了近十年，他们依然一无所获。无奈的两人只能回到自己的家乡——水城威尼斯。
离家多年再次归来，尼科洛的儿子马可也已经是翩翩少年。兄弟两人在威尼斯建立新的刺客公会同时，也将马克训练为了一名强大的刺客。
但对于阿泰尔的手札，两兄弟依然觉得心有愧疚，于是带着已经长大的马可，再次踏上去往亚洲的旅途，终于在1275年，他们抵达了那个年代种花家的土地，并见到了当时帝国的大汗。
马可为大汗效力了17年，可他却从未忘记自己身为刺客的使命，终于他找到机会潜入了那位大汗在上都的密室，找到了自己父亲当年遗失的手札，并带着手札在1295年踏上归途回到了威尼斯。
之后那些年里，刺客兄弟会再次遇到了他们的宿敌，在威尼斯的兄弟会据点被摧毁之前，马可学着当年阿泰尔一样，让刺客们隐姓埋名分散到其他地方，有些去到了西班牙，有些则是去往了其他地区。
其中就有一位刺客在将自己的姓氏改为‘奥迪托雷’后，来到了当时被美第奇家族所守护的佛罗伦萨定居，并成为了当地的一位贵族。
1459年6月24日，奥迪托雷家族迎来了一个新生命的诞生，他的父亲为他取名为——艾吉奥，寓意为“鹰”。
而根据意大利当时的传统，艾吉奥的全名也被叫做：艾吉奥·奥迪托雷·达·佛罗伦萨，也可以理解为‘佛罗伦萨之鹰’。
出生于贵族家庭的艾吉奥直到17岁之前都在过着无忧无虑的贵族生活，也就在那时他结识了那位文艺复兴时期的天才——达芬奇。
但这一切的美好却随着自己父亲、兄长和弟弟被处以绞刑而改变。
逃过一劫的艾吉奥带着母亲和妹妹投靠了自己的叔叔，也从对方那里学会了如何战斗以及知道了刺客的意义。
在给自己的家族报仇后，已经成为一名真正刺客的艾吉奥发现这一切远未结束，他决定继续去寻找那个隐藏在幕后的真凶。
也就在那时，他遇到了一个喜欢穿着黑色长袍，与自己打扮有些相似的男人。
艾吉奥和那个自称莱奥尼斯的人一路同行，从对方的身上学到了许多关于战斗、刺杀的技能，也学会了如何让自己本就擅长的攀爬变得更加快速和有效。
在同行的那些年里，两人成为了无所不谈的挚友，甚至艾吉奥在对方的身上仿佛看到了自己那个喜欢捉弄自己的哥哥的影子。
失去了亲人，在不久之前又亲眼看着自己的挚爱死在自己怀里的艾吉奥，在孤独了多年之后第一次感受到了那种当年兄长的关爱。
最终两人一同来到了罗马潜入了教廷内部。
只不过在进入教廷后，艾吉奥选择了去寻找教皇复仇，而莱奥尼斯则是直接去往了藏宝库中。
这一次的分开亦是永别，之后那些年里他成为了刺客导师，成了那些虚幻之人口中的先知，可他却再也没有能见到那个身影。
1524年11月30日，已经年迈的艾吉奥陪着自己的妻女来到佛罗伦萨的街头购物，坐在长椅上休息的他看着远处的妻女，内心充满着平静。
他能够清楚的感受到自己的生命即将走到终点，而在弥留之际的艾吉奥，似乎看到了那个被自己视为兄长的男人就站在自己的面前，一脸微笑的看着自己。
“好久不见，哥哥！我到家了。”
……
“好久不见，艾吉奥！”
莱尼看着画中人，泪水顺着脸颊滴落下来。
回忆起当年的种种往事，莱尼不禁有些感伤，时间的流逝让他失去了太多太多。
他本可以早一点找到艾吉奥，但当年在教廷的藏宝库中，他遇到了专门等在那里的卡珊德拉。也不知道那女人发什么疯，二话不说就是一顿暴揍，拖着他在台伯河里一路潜水来到了无人的郊外，又把他绑在船上回到了奥林匹斯山附近，最后还把他囚禁在了海底密室中，一关就关了好多年。
直到有一次趁着那凶婆娘外出，莱尼才终于有机会强行砸碎了海底密室重获自由。只不过当他再次来到佛罗伦萨时，见到的却是已经燃尽生命烛火的艾吉奥。
“嘶……”想起当年自己被揍的场景，即使已经过去那么久，可莱尼依然觉得自己的脸上隐隐作痛。
他没有再去看亨利搜集到的那些所谓永生的证据，重新坐到了壁炉旁，看着那堆火焰，点上一支雪茄一口一口的抽着。
几个小时后，他听到门外的走廊上传来了缓慢的脚步声，不一会亨利就推门走了进来。
在走到那已经熄灭的火堆旁重新点燃后，亨利转身看到坐在高背椅上正盯着他看的莱尼。
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