后来，振武营士卒的薪俸先被缩减，继而发饷拖期，振武营士卒遂鼓噪哗变。
事情平定后，穆宗朱载垕即位，徐阶继续为首辅，议及振武营经常哗变，意欲解散，但是担心他们会占据孝陵闹事，于是花了若干年时间慢慢分化瓦解。当前的振武营正军数量已由3000名降至1200名。
由此也可见，大名鼎鼎的孝陵卫早就不行了。
至于神威营，要到崇祯九年才会设立。
到“流寇”犯江北，南都震动。时守陵太监陈贵、魏国公徐弘基各疏请设营护陵，名神威营。后经兵部议覆，设军3000名，“统以参将一员，南兵部年中甄别，止令勋监二臣冬季察阅一次”。
这就意味着，那时孝陵卫戍部队已达三支：孝陵卫、振武营、神威营。
其中振武营由武职统领，神威营由勋戚、守陵太监统领，而孝陵卫正军早已被瓜分殆尽，所剩无几。可以说，孝陵神宫监掌监与魏国公借时局动荡之机再次扩大了兵权。
崇祯十七年，京师沦陷，弘光帝在金陵建立南明小朝廷。或许为了加强兵备，于是合神威营、振武营为一营，名神武营。
接着，王铎提议裁撤神武营，恢复孝陵卫旧制，一切又回到原点。这也反映出自嘉靖以来，南京兵部官员与内臣就孝陵卫管领权的斗争，实未起到任何实际效果。随着时间推移，孝陵戍卫体系不断膨胀，官兵疏于操练、徒耗月粮，仅成为奉祀官任意差遣的军伍杂役而已。
值得一提的是，当钱谦益、王铎等人开了金陵城门投鞑时，只有孝陵卫站了出来抵抗。
此时他们的指挥官是孝陵卫末代指挥使梅春。梅春两百多年前的先祖梅殷是明太祖朱元璋的女婿，朱元璋临终前嘱咐梅殷辅佐继承皇位的皇太孙建文帝朱允炆。
建文元年燕王朱棣起兵反叛，他的妹夫梅殷却奉建文帝命驻守淮安，多次击退朱棣的燕军。朱棣被迫绕过淮安，改从扬洲攻陷金陵。
天下大局已定，梅殷被迫投降。但梅殷依然心怀建文帝，咒骂朱棣，最终被朱棣流放辽东，在流放途中被押送的锦衣卫推入水中溺死。
妹夫梅殷死后，朱棣打发梅殷的儿子去做守墓的清苦活，梅家开始世代承袭孝陵卫指挥使之职，传至梅春这一代已经历经两百多年。
历史的讽刺在于此，弘光年间手握金陵兵权但却选择降清的赵之龙两百多年前的先祖是赵彝。
赵彝在建文年间被建文帝任命为永平卫指挥佥事跟随官军迎击燕王朱棣。赵彝却变节投降朱棣，协助朱棣攻陷金陵。
朱棣登基称帝后，赵彝被封为忻城伯。赵家历代都受到朱棣一脉的重用，到了明末世受厚恩的赵之龙变节降清。而先祖死于反抗朱棣，之后备受朱棣一脉明朝皇帝冷遇的梅家后人梅春却决定为朱棣后人的江山赴死效忠。
孝陵卫在清军入金陵的时候，拒绝投降，末代孝陵卫指挥使梅春率部同清军争夺城门，兵败后仅剩18人退到孝陵卫死守，最终以18人全部阵亡的代价消灭清军三百人。
在《南明史》中留下寥寥一句“指挥梅春起兵于孝陵卫，死之。”
明末史学家计六奇编著的《明季南略》根据当时南京民众的口耳相传记载了孝陵卫保卫战的详细经过：
“南惊人述云七月廿九日戊寅，南京孝陵卫，营旧有四十八营，乃神乐观武生所管。至是以清兵入，遂纠众，乘夜每人束柴一把，突烧城门。
清帅发兵，出一矢射毙二人。营兵发砲，不伤清兵一人，遂败。止剩营兵十八人，清以五十人而围之，不克而死。
再益兵，再败，俱三百人具毙，营兵仅存一人，清兵只存三人。三人围一人搏战，已而，营兵以勾刀破清兵一人腹，肠出外尤未断也，其人忍痛杀清兵一人，始死。清兵只存二人，乃走遁。
营兵十八人杀清兵三百，可谓勇矣。所余一人能战三人，且破其腹，则尤勇也，至肠绝尤能杀兵同死，清兵更不及。
安在行伍无将才也，惜乎，其名不传。”
明孝陵卫此时和清兵殊死抵抗是勇气非凡的，因为此时满清大军主力已经进入金陵城。
梅春和他率领的千余名孝陵卫部下，很清楚这是一场根本不可能赢的战役，也根本不可能改变金陵沦陷的大局，但他们依然选择对清军发动了赴死式的自杀式袭击。
兵败后，孝陵卫仅存18人退守孝陵卫，面对数百名清军的围攻，这18人依然没有投降，而是选择用他们的生命为已经延续数百年的明朝皇家守陵部队南惊孝陵卫划上了句号。
张香主给大统领讲了讲金陵的军备情况，可是李自成比他知道的还要多。
好消息是孝陵卫指挥使梅春和孝陵神宫监潘德关系不错，潘德又是金陵天地会的后台。
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