不过这第一阶段却是非常重要，关系着以后军队的强弱，号令的统一。依戚继光的练兵方法，他就非常重视旗帜号令训练，他认为“号令、旗鼓皆治军之要。古今名将用兵，未有无节制号令，不用金鼓旗幡而浪战百胜者。”
为此，他制定了众多的行军、作战、宿营等各种号令，要求士兵务要记熟。不识字者就听队里识字的人教诵解说，到了操练对敌时，决对是字字依行。平时戚继光就经常抽背兵士，有一条记不住的，就要打一板子。如果各兵有犯小过该责打的，能背一条者免打一板。
如此反复练习，最后在实际的作战中，各官兵真正做到共作一个眼，共作一个耳，耳只听金鼓之声，目只看旗帜之色，夜看高招双灯。
若旗帜金鼓不动，就是主将口说要如何，也不许依从，就是天神来口说要如何，也不许依从，只是一味看旗鼓号令。如擂鼓该进，就是前面有水有火，若擂鼓不住，便往水里火里也要前去，如鸣金该退，就是前面有金山银山，若金鸣不止，也要依令退回。只有这样，才能强弱同奋，万人一心，攻坚摧强，无往不胜。
戚家军成军后所向披靡，打遍天下无敌手，也是和旗帜鲜明，号令统一分不开的。对于这个一代明将的做法，黄来福自然是依样而行。
在戚继光治军之前，大明的各种旗帜方位是用东南西北来表明，但此时的军队大多是文盲，不辩东西，谁知道东南西北方位是什么？戚继光治军后，就改用了更为实际的前后左右扬旗法，具体是：
当黄旗扬起时，就是中，列队的各人都要往中间看。在作战时，若举黄旗，就是中军欲变动，各队都要静听号令施行。
当红旗扬起时，就是前，列队的各人都要往前看。要是在作战时，若举红旗，就是前队兵要变动，前队听号令施行。
黑旗扬起时，就是后，列队的各人都要往后看。要是在作战时，若举黑旗，就是后队兵欲变动，后队听号令施行。
当青旗扬起时，就是左，列队的各人都要往左看。要是在作战时，若举青旗，就是左队兵欲变动，左队听号令施行。
当白旗扬起时，就是右，列队的各人都要往右看。要是在作战时，若举白旗，就是右队兵欲变动，右队听号令施行。
如果这五面旗都举了起来，各队就要肃立，准备听号令施行。旗点向哪方，大家就往哪方走，旗不定下就不停止，旗不伏下来大家就不坐。旗帜鲜明，号令统一，旗不起，脚下即是信地，虽天神来叫移动，也不许依从擅动。
除了旗帜外，戚家军中还有各种号令金鼓。各种的号令乐器有：锁呐、铜锣、孛罗，步鼓，擂鼓，鸣金，钹响等。
如果在军营中，各军官听到吹锁呐声响，就是主将大人要各个军官们来军中商议各种事务了。
如果听到铜锣声响，各个军士们就地坐下来休息。
如果听到孛罗声响，各个军士们就要起身，各人拿好自己的武器站好。
如果听到步鼓声响，各人就要往前前进，每点鼓一声走十步。
如果听到喇叭吹成单摆开声响，就是要各队各旗疏散开，每一小旗相平离一丈五尺左右。
如果在行军的时候，各人听到喇叭一阵响，就是伙夫要开始做饭了。吹喇叭二阵响，大家就开始吃饭了。喇叭三阵响，大家就开始扎营了。
如果在行军途中，各人听到金边的声音，探马便要立进出来，往各方前去侦察。
如果听到喇叭吹成天鹅声响，各个军士们就要放开嗓子呐喊了。
如果听到擂鼓声响，各军士们就要奋勇往前冲锋，与敌人进行交战。
如果军士们与敌人交锋时，听到鸣金一声响，各人便要停止与敌交战。又听到鸣金一声，各军士们便退了下来。
※※※
除了这些基本的旗帜鲜号令外，戚继光还定有军纪营规军礼无数。黄来福自然是全搬了，他依戚继光的练兵方法，制定了全面的五寨堡军纪军礼营规。
军礼第一条，就是定尊卑止蓦越。
平时在军中，小旗见总旗，需作揖侍立。总旗见百户，一跪一揖。百户见千户，就是见黄来福自己了，需两揖一跪。平时在教场上，如果下级遇到上级，途中有骑马的，都要下马，如果违抗者，要交以镇抚，以军法重治。
平时地方无事时，小旗，总旗，百户相坐，许以乡情从便相待，但坐须要侧侍，不许齐肩平列。
上级交待任务时，小军跪听小旗传令发放。小旗凡有禀白，跪听总旗授成。总旗跪听百户授成。百户跪听千户授成传令。
平时的公文兵册，逞己功劳等，只准小军交小旗，小旗交总旗，总旗交百户，百户交千户。不许蓦越直接交到上司手中，需安于自己的属下身份，如有违抗者，要交以军法重治。
除了军礼外，就是军纪了。
戚家军的军纪极严，戚继光当年就说：“……兵是杀贼的东西，贼是杀百姓的东西，百姓们岂不是要你们的杀贼？设使你们果肯杀贼，守军法，不扰害他，如何不奉承你们？只是你们到个地方，百姓不过怕贼抢掳，你们也曾抢掳。百姓怕贼焚毁，你们也曾折毁。百姓怕贼杀；你们若争起也曾杀他，他这百姓如何不避，如何不关门锁户？且如去年，我往台州，因是众人家兵难制，沿路百姓固也受害，兵们宿无处，炊无处，又被百姓告来拿著的，挨累官哨队长打死了多少。如今年，我自己的兵，宿有程头，火兵先定歇处，挨次而入，起行依号，扎营点步鼓，挨次而行，经过百姓们闻说到，杀猪牛，贩酒米等待……”
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