“臣等遵旨”一众重臣一听是山西出现的瘟疫，纷纷吓得不轻，山西出现瘟疫的消息早已经传到了朝廷，朝廷派了医部医官前去核实防治，没想到会如此严重。
万历时期明朝政府加派的赋役越来越重，全国各地几乎连年遭灾。先秦晋，后河洛，继之齐、鲁、吴越、荆楚、三辅，并出现全国性的大旱灾。旱灾变得越来越频繁，大旱之年的比率也在增加。
大灾之后必有大疫，鼠疫终于在山西爆发。万历八年，大同府瘟疫大作，十室九病，传染者接踵而亡，数口之家，一染此疫，十有一二甚至阖门不起者。
同年，在太原府太谷县、忻州、苛岚州及保德州接连暴发大疫，次年，疫情传至辽州（左权），再传至潞安府，疫情进一步扩大。
加之明汉战争爆发，人口流动加快，疫情也逐渐传播开来，但很快引起汉军随军军医重视，忙向朝廷禀报山西鼠疫爆发，陈瀚接到山西爆发鼠疫且已在前明时期传播十余年，深感担忧，忙下令减少山西人口流动，派医部医官赶赴山西消灭鼠疫。
天汉朝廷迅速做出抗击鼠疫，北方各省文武官吏驻军民兵迅速行动起来投入抗疫之中，山西境内严格禁止军民私自往来，各府州县正在大量组织焚烧因鼠疫而死的尸体，使用石灰消毒，大量捕捉老鼠。
山西境内掀起强制性大量挖坟掘墓，遭到当地士绅百姓强烈抵触，但朝廷的谕令加上军队强制执行，一切进展迅速，很快控制鼠疫蔓延，临近各省各府州县也纷纷效仿，迅速控制住鼠疫，鼠疫逐渐被消灭。
天汉朝廷针对从山西爆发的鼠疫下令全国各地派驻的医官指引百姓加强防疫消毒，同时在全国推行牛痘种植法，减少幼儿夭折，提高人口数量，获得天下臣民交相称颂。
天汉朝廷接连出台的一系列政策以及应对山西鼠疫爆发及时将其消灭，获得天下臣民衷心支持，劣绅奸商们的可耻行径也不断遭到看清时事的士人们登报口诛笔伐。
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