白莲教会成事，这是周琅幕僚们的观点。
因为随着周琅攻取江南，天下大势不免会发生巨大的变局，清军愿意也好，不愿意也罢，都不得不将主要精力放在对抗周琅上来，有朱元璋的例子在前，无论周琅如何低调，都会成为清廷优先打击的对象。
相比之下，白莲教的处境就好多了，他们的压力一小，就有了足够的空间发展。
现在白莲教看起来被清军压迫在狭小的川楚交界地区，可是四川、湖北、湖南、河南甚至陕西都出现了白莲教活动的情况，按照前任两江总督福宁给嘉庆的奏报，“贼数实减，而大股分为小股，贼名反多”，现在越来越多的白莲教教首起兵，一旦有了空间，就会由小变大，迅速席卷数省，然后联兵一处，就有了颠覆清廷的力量，形成明末李自成的局面。
这都是参考了明末的情况，明末时期，每每李自成快要覆灭，总会遇到转机，很多次都是清军突然入关，崇祯不得不调天下兵马擒王，结果镇压农民起义的軍队撤走，给了李自成重新拉队伍的机会，最惨的时候，李自成就只剩下了十八个骑兵，可还是席卷天下了。
幕僚们认为，这就是大势，是扭转不了的。
周琅也觉得分析的很有道理，清军一直在川楚一带镇压，可越打越多，不断反弹，这是社会矛盾决定的，大量白莲教起义者都是活不下去的贫民，都是社会的边缘人，许多脱离了宗族，脱离了土地，进入深山之中开垦皇帝，天天担心官兵会把他们当贼剿灭，或者在山区伐木烧炭，挖掘矿产，这些都是清廷禁止的，把这些人成为矿徒。
这样的人太多了，川楚一带的山川大泽中，甚至有大量逃往山上开垦，还形成了组织，建立了山寨，官府不但不管，他们的山寨甚至有了固定的商铺，有商人在这里做生意，跟外界建立起了经济联系。这样的脱离官府管辖的独立组织，一有机会马上也会变成一支军队，然后建立政权。
还有湘西、黔东北、川东南一带的苗民叛乱，其中还夹杂着民族矛盾，跟康乾期间推行的改土归流大政策有密切的关系。他们不但打官府，还要打清代以来进入苗疆的汉人，而这些汉人已经在这里开垦土地，繁衍数代，通过开垦形成了一个本地的地主乡绅、自耕农和佃户的农业社会，有自发的组织能力。
跟官府和地主武装同时开战，而是是要夺取地主的土地，杀光当地汉民的情况下，基本上苗民反抗是注定失败的，这些失败的苗民叛军，只能加入流窜的白莲教武装中，同时不断破坏的地方秩序，制造的大量流民也被迫不断加入，白莲教只要不被剿灭，迟早会滚雪球一般壮大，福宁还奏报过，“贼以胁从而日增……新起之贼实多于剿除之数”。
白莲教的问题确实已经成了隐患，不但是清廷的，也是周琅的，因为大家都清楚，周琅是在跟清廷争天下，任何第三股势力的出现，都会成为竞争对手。朱元璋夺取天下之后，也是要剿灭白莲教的，为此在明初就引起唐赛儿的白莲教起义。
周琅经过这一番扩张，贪吃蛇一样壮大了一整圈，得停下来好好消化一番。
杭州的问题没拖延太久，王辅茞本来就有相当的组织能力，或许读书科举的本事不行，但行政能力还算出众，即便本来不出众，这么多年锻炼下来也纯熟了，而且手下有一个跟周琅一样庞大的幕府帮助，他稳定地方的能力还是有的，而且就在周琅占据南京不久，他就让辅兵夺取了嘉庆、湖州两府，接着只用了一个军就攻克了杭州，不是阮元能力不够，而是形势使然。
其实要是论能力，阮元的能力可能远在王辅茞之上。
这个阮元，在历史上也是一个大名臣。历史上就是在他手里，剿灭了未获闽浙的海盗，最后做到地方总督，而且无论在哪里做官，都会纠正弊政，做出一番事业。是一个难得的能臣。他当官也当到了让当朝权臣害怕的程度，就好像乾隆害怕朱珪进京一样，当道光继位想要调阮元进京的时候，遭到了曹振镛的阻拦。
曹振镛倒不是和珅那样的貪官，但就像他的名字一样，他是一个庸官，做官的口诀是“多磕头少说话”，盐商家族出身的他不缺钱，脾气又好，人缘极佳，可就是不做事，也不做错事，这种人盛产于苟且的时代，这种人最怕的就是那些有能力的人，不管是手下，还是同僚，都要想办法加以遏制。
这样的阮元本该做出传统社会中一个文官能做到的更大的功绩，可惜他所依赖的传统平台，被周琅给砸碎了，而周琅搭建的平台，让王辅茞可以尽情的发挥，所以王辅茞打败了阮元，进入了杭州。
攻入杭州的那个辅兵军遭受了严重的伤亡，一万人中有三千人战死，两千多人受伤，受到阮元组织的武装多次反扑，却能始终不退缩，而且强硬的打了过去。
这样的战功，让王辅茞给周琅写了一封本不该他参合的请功奏章。
軍队有軍队的机制，周琅建立了专门管理军官任免升降的人事部门，叫做吏科，每个军都有相对的一个官员，专门用来记录官兵的功劳，小兵的功劳由他们的队长申报，军官的功劳则是这个吏科文员负责记录，并且跟当事人核对清楚，签字画押后，才能记入档案，升迁最后是吏科根据这些档案资料来确定，而不是某一个官员随便推荐的。
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