永历元年八月七日，联合舰队抵达镇江府焦山门，这里是京杭大运河与长江交汇处的点，在这个时代还是一个江心岛，其横亘在长江航道中，遮蔽了近半宽度，当年郑藩在此处挡住了高杰部的南撤大军，导致了高杰部这支南明最强军投降。
焦山门上有驻扎着四百多个绿营兵，但岛上没有什么像样的城防工事，海军陆战队一登陆，黑压压的上千人，航道中的战船又打了几轮空炮，焦山岛屿上的绿营兵就是投降了，海军在这里驻扎了一个大队的陆战队还有几门火炮，役使沿途俘虏的上千俘虏修造工事，也就如此了。焦山这个地方可不适合驻扎舰队，这座挡住航道的岛屿不仅让南北的水流湍急，还造成许多漩涡，如果风向不对，就算是划桨船一起出动，也难以牵引大船过去。
驻扎兵马的意义是防备大运河与长江之间的瓜州渡的清军作祟。
联合舰队继续前进，在金山寺与焦山门之间航行非常顺利，抵达了金山这个另一个长江航道中间的岛屿，金山岛较小，上面有壮观的佛教寺庙，稍加改造就能成为简易的工事，这里控扼着京杭大运河南段的入江口。
在金山寺，联合舰队就此分兵，为了统一指挥，明军由沈廷扬、王之仁、张名振三人率领前往了鲁监国政权向往的南京城，而留下郑联的水师与海军一起封锁长江，而作为交换，海军支援了明军二十门十八磅重炮，都是主力舰上换下来的，还有一些寿命，用做攻城炮威力和精准也算可以，至少清军中，无一门大炮是十八磅炮的对手，他们的红夷大炮最大也不过十二磅炮，这些炮兵由张名振督领，而其中主要的军官和炮手要么在台湾受训要么就是海军的退役炮手。
明军继续溯长江而上，海军却是展开了对镇江府的进攻，海军陆战队一个营（欠一个大队），一个炮兵营和两千名武装水手、桨手上岸，而之所以这么点兵力就敢进攻镇江，原因无他，镇江城墙距离长江航道很近，火炮可以直接攻击城墙。
镇江攻城战仅仅持续了半日，海军和炮兵营加起来上百门火炮攻击，一个比一个管子粗，一个比一个威力大，镇江城中仅有绿营和漕运总督三千多人，在城墙被轰塌的一瞬间就选择了投降。
即便是出身郑藩，郑联也没有见识过这么强大的火炮攻势，他没有选择再上岸，而是带着手下去了焦山门，派人上岸把瓜州渡给围成了水桶，把大船放了长江航道，率领小船和抢来的各类江船直接通过瓜州渡北上去了扬州方向，沿着运河像捋鸡肠子一样向北抢掠，沿途无论是漕运船还是商船、民船，统统抢来，被排挤在外的郑联反而在这场战争中赚的盆满钵满，一直到进入淮安府中被山东来的清军伏击才是退回。
当然类似的行动在合众国这边也有，海陆两军双面夹击，把江南段抢了个遍，当然，海陆两军仅夺官船，民船只要上缴部分军税便可以放行，但实际上，所获仍然丰厚，因为用商人买通漕运衙门，用漕船运私货非常普遍，这些自然也被充公了。
南京。
长江边，呜呜的号角声不断响起，八旗骑兵们在江岸边的堤坝上冲出，狠狠的冲击进了岸边明军的行列，这些甲兵多是白甲兵，全身披挂铠甲，有些连战马也是具装，全身甲胄强横，普通箭矢根本无法射穿，前线数百甲骑手持丈许长矛，宛若怪兽一般冲进阵列之中，把明军那稀疏的阵型冲的松散。
而甲骑身后则是千余弓骑兵，在明军阵列之外驰射，明军阵列很快崩溃，被逼的自相践踏，逃向江边，八旗骑兵见地面松软泥泞，纷纷下马，怪叫着提着刀矛冲杀，明军大溃，有人跪地求饶被清军砍下脑袋，而有人则冲进江水之中，饶是识得水性，却因为身披甲胄，江流湍急而多半丧命。
见跳水是死，很多明军逃回，却又被清军长矛刺穿，清军也是不下水追击，从马上解下鸟铳，不断装填射杀，江边浅滩之上到处都是尸体，鲜血淋漓。
巴山站在堤岸之上，看到大量尸体被江水冲走满意的点点头，啐了一口说道：“这些蛮子真是蠢，这点能耐也敢犯南京，可笑！”
周围的章京们跟着哈哈大笑起来，连连出言赞同。
清军南下占领江南后，大明两京制度就结束了，南京被改名为江宁，江宁作为清廷在江南的统治核心，最巅峰的时候驻军四万有奇，剃发令的颁布摧毁了南方传檄可定的大好局面，多铎收拾不得，多尔衮无奈派遣洪承畴南下，成为招抚南方总督军务大学士，敕便宜行事之权，虽然名头响亮，但也只是说的好听，其中‘禁止机密’之事都要与平南大将军，多尔衮的心腹勒克德浑商议。
虽然后世诸多小说演绎，以至于出现为笼络洪承畴，皇太极把大玉儿都赏给了洪承畴这等情节，但洪承畴并未受到什么重视，这个家伙一开始被编进了镶黄旗的包衣牛录，那是正经八百的包衣奴才，而且他所在的包衣牛录还是最低等的，用后世烂俗的清宫剧来说，那是辛者库贱奴，可谓是三等奴才，别说满蒙汉八旗的权贵，就连一些辽人也瞧不起洪承畴，毕竟人家投降早，是亲奴才，这也是吴胜兆一直不服洪承畴的原因。
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